El Palacio Episcopal es un edificio de grandes proporciones, adosado a la Catedral por el lado sur, formado por una diversidad de volúmenes y construcciones que han seguido en su proceso de edificación al de la iglesia.
La primitiva obra se inició a principios del siglo XIII y se concluyó con la segunda fase de la Catedral, en torno al año 1250. Se prosiguió su construcción en el siglo XVI (1546), y posteriormente, en el siglo XVIII, se edificó la portada principal y el cuerpo que cubre ésta, configurando así el edificio en su estado actual, de estilo neoclásico, sobre cuya puerta de acceso se esculpió el escudo de su patrocinador, el obispo Flores Osorio.
De cada una de estas fases existen claras muestras en su interior pero su principal período es el segundo, el siglo XVI, del cual se conserva un magnífico patio en claustro; periodo en el que trabajaron Pedro de Alviz y Andrea Rodi, uno de los introductores de la arquitectura purista en Cuenca.
Ocupando varias dependencias de una de sus alas, se encuentra el Museo Diocesano Catedralicio de Cuenca.
