En el interior de las naves, sobre los elementos sustentantes, columnas jónicas en su mayor parte, se apoya un conjunto de bóvedas con nervaduras formando figuras estrelladas, muy típicas del estilo castellano o isabelino. Las claves de bóveda presentan motivos vegetales y florales, excepto las de la bóveda que cubre el espacio del altar mayor, donde se colocaron bustos de profetas.
La Cruz de Humilladero originaria de la ermita de la Cruz Cerrada es una de las joyas que se pueden admirar en el interior de la parroquia. De autoría desconocida, ha dado lugar a numerosas leyendas sobre su llegada a la villa y entre sus posibles autores se barajan escultores de la talla de Cellini o Diego Siloé.(VISITABLE)