El aumento de población experimentado por la villa en el siglo XV, pasando de los mil vecinos y el crecimiento urbanístico hacia la zona norte de la localidad motivaron la construcción de una nueva parroquia, además de Santa María, produciéndose en 1511 la división territorial de Alcázar entre ambas y por consiguiente el reparto de beneficios y rentas entre las mismas. El templo pertenecía a la Orden de San Juan, aunque la cruz de malta no se muestra en las paredes del templo.
La construcción comenzada en el siglo XV quedó pequeña ante al cada vez mayor población. En la segunda mitad del siglo XVI se emplean para la iglesia unos planos de Juan de Herrera, constructor de El Escorial, traídos por el alcazareño Miguel Barroso, que había trabajado junto al maestro como pintor y arquitecto.
El edificio sufrió un incendio en 1785 tras ser alcanzado por un rayo, que no logró apagarse en toda la noche, y la iglesia quedó muy dañada. Esto permitió levantar un templo nuevo empleando lo que pudo salvarse del anterior, finalizando en 1796.
En 1921 la iglesia sufrió un importante derrumbe que afectó a gran parte del templo, perdiendo la torre campanario. También durante la Guerra Civil el edificio perdería su archivo parroquial, sus retablos, pinturas y reliquias.
El exterior del edificio muestra su carácter austero pero seguidor de unas líneas de estilo barroco influido por los rasgos clasicistas y manieristas que marcaron las formas de la primera etapa de construcción, con cierta similitud con el Escorial. El material principal que se observa en sus muros es el sillar labrado de arenisca rojiza, muy empleada en la localidad. Sin embargo, no se emplea la arenisca para las dovelas de los arcos, para las cuales se emplea el ladrillo.
La torre hoy desaparecida, y en cuyo lugar se localiza la casa parroquial, fue edificada en el siglo XVI. Pudo haber estado coronada por un chapitel con aguja, que se tejaría tras el derrumbe. En él podía observarse el reloj hasta 1725, así como las tres campanas, que fueron fundidas en 1655. Llegó a existir otra torre provisional, edificada en el siglo XX en mampostería, pero se eliminaría en la última restauración del edificio. Actualmente, las campanas se encuentran en el interior de la iglesia.
Declarada Bien de Interés Cultural (BIC) en 1991
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